哺乳類
| No. | カテゴリー | 和名 | 学名 |
|---|---|---|---|
| 1 | 絶滅 | ニホンオオカミ | Canis lupus hodophilax Temminck |
| 2 | 絶滅 | ニホンカワウソ | Lutra lutra nippon Imaizumi and Yoshiyuki |
| 3 | 絶滅危惧1類 | ホンドザル | Macaca fuscata fuscata Gray |
| 4 | 絶滅危惧1類 | ヤマコウモリ | Nyctalus aviator Thomas |
| 5 | 絶滅危惧1類 | コヤマコウモリ | Nyctalus furvus Imaizumi and Yoshiyuki |
| 6 | 絶滅危惧1類 | モリアブラコウモリ | Pipistrellus endoi Imaizumi |
| 7 | 絶滅危惧1類 | チチブコウモリ | Barbastella pacifica Kruskop,Kawai and Tiunov |
| 8 | 絶滅危惧1類 | クロホオヒゲコウモリ | Myotis pruinosus Yoshiyuki |
| 9 | 絶滅危惧2類 | ミズラモグラ | Euroscaptor mizura (Günther) |
| 10 | 絶滅危惧2類 | ニホンウサギコウモリ | Plecotus sacrimontis G.M. Allen |
| 11 | 絶滅危惧2類 | ヒナコウモリ | Vespertilio sinensis (Peters) |
| 12 | 絶滅危惧2類 | ノレンコウモリ | Myotis bombinus Thomas |
| 13 | 絶滅危惧2類 | カグヤコウモリ | Myotis longicaudatus Ognev |
| 14 | 絶滅危惧2類 | ユビナガコウモリ | Miniopterus fuliginosus (Hodgson) |
| 15 | 絶滅危惧2類 | テングコウモリ | Murina hilgendorfi (Peters) |
| 16 | 絶滅危惧2類 | ホンドオコジョ | Mustela erminea nippon Cabrera |
| 17 | 絶滅危惧2類 | ニホンイイズナ | Mustela nivalis namiyei Kuroda |
| 18 | 準絶滅危惧 | ニホンモモンガ | Pteromys momonga Temminck |
| 19 | 準絶滅危惧 | ヤマネ | Glirulus japonicus (Schinz) |
| 20 | 準絶滅危惧 | ヒメホオヒゲコウモリ | Myotis ikonnikovi Ognev |
| 21 | 留意 | ニホンカワネズミ | Chimarrogale platycephalus (Temminck) |
| 22 | 留意 | コテングコウモリ | Murina ussuriensis Ognev |
| 23 | 留意 | ニホンツキノワグマ | Ursus thibetanus japonicus Schlegel |
| 24 | 留意 | ニホンカモシカ | Capricornis crispus (Temminck) |
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